Filip Presseisen ukończył z wyróżnieniami klasę organów prof. dr. h.c. Christopha Bosserta w Hochschule für Musik w Würzburgu oraz klasę organów na Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie. Studiował w klasie prof. Franza Danksagmüllera w Hochschule für Musik w Lubece.
Jest laureatem szeregu konkursów: I miejsce oraz nagroda specjalna (Puchar Prezydenta Miasta Poznania) na VI Międzynarodowym Konkursie Organowym im. Feliksa Nowowiejskiego w Poznaniu (2017 r.), nagroda specjalna Antalffy-Preis za najlepszą interpretację utworów na organach historycznych w ramach Międzynarodowego Konkursu Organowego ION w Norymberdze (2016 r.), I miejsce na Internationaler Kinoorgel-Wettbewerb w Berlinie (2015 r.), II miejsce oraz nagroda publiczności na Międzynarodowym Konkursie Improwizacji w Schwäbisch Gmünd (2019 r.).
Koncertuje w kraju i za granicą (Niemcy, Szwajcaria, Włochy, Norwegia, Czechy, Węgry, Litwa, USA). Nagrywał dla Polskiego Radia i Telewizji oraz Niemieckiego Radia MDR. W 2020 r. uzyskał stopień doktora sztuki muzycznej w dyscyplinie instrumentalistyka, a w roku 2024 stopień doktora habilitowanego.
Jest wykładowcą Instytutu Muzyki Kościelnej w Krakowie, Rzeczoznawcą Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego w zakresie opieki nad zabytkowymi organami. Jako kameralista regularnie współpracuje z Capellą Cracoviensis.