Marek Stefański ukończył studia w krakowskiej Akademii Muzycznej w klasie organów prof. Joachima Grubicha, otrzymując w 1994 dyplom z wyróżnieniem. W latach 1996-2007 pełnił funkcję organisty krakowskiej bazyliki Mariackiej. Od 1999 roku pracuje w Katedrze Organów Akademii Muzycznej w Krakowie. W 2007 roku uzyskał w macierzystej uczelni tytuł doktora sztuki muzycznej, a w 2013 – doktora habilitowanego. W 2022 roku otrzymał tytuł profesora zwyczajnego sztuk muzycznych.
Koncertował w większości krajów Europy, w Ameryce Północnej i Południowej, Izraelu i Korei Południowej. Regularnie zapraszany był na koncerty do Rosji, gdzie stał się jednym z najbardziej znanych zagranicznych organistów. Dokonał także licznych nagrań dla Polskiego Radia, Telewizji Polskiej oraz rozgłośni zagranicznych, jak również nagrań płytowych dla polskich i zagranicznych wytwórni fonograficznych. Obok solistycznej działalności koncertowej współpracuje z licznymi zespołami chóralnymi oraz wybitnymi wokalistami i instrumentalistami.
W latach 2010-2011 wspólnie z Radio Kraków realizował cykl audycji „Antologia Organów Krakowa”. Wraz z Radiem Rzeszów prezentował na antenie radiowej brzmienie wartościowych organów Podkarpacia.
Uczestniczył w pracach jury międzynarodowych konkursów organowych w Polsce, Niemczech, Luksemburgu i Rosji. Jest założycielem i dyrektorem artystycznym Podkarpackiego Festiwalu Organowego oraz Wiosennych Dni z Muzyką Organową w bazylice Jezuitów w Krakowie, pomysłodawcą i współautorem cyklu rozmów „Ukryte sacrum”, prezentowanego na antenie Radia Kraków od września 2017 roku.
W 2019 roku ukazała się jego książka „Organy na krańcach świata – Marek Stefański w rozmowie z Mateuszem Borkowskim”, która została uhonorowana Krakowską Książką Miesiąca. Jest także autorem powieści biograficznej „Dziedzictwo” o prof. Bronisławie Rutkowskim – twórcy polskiej szkoły organowej.
– Basse de Trompette
– Recit de Nasard
– Tierce en taille
– Recit de Cromorne
– Dialogue des Flutes
– Fond d’orgue
– Fugue
– Gigue-Grand jeux