Daniel Prajzner ukończył studia w krakowskiej Akademii Muzycznej w klasie organów prof. Mirosławy Semeniuk-Podrazy (dyplom z wyróżnieniem) oraz w Conservatorium van Amsterdam w klasie organów prof. Pietera van Dijka. Wziął także udział w programie Sokrates/Erasmus, studiując w Hochschule für Musik und Theater w Hamburgu m.in. w klasie organów prof. Pietera van Dijka oraz w klasie klawesynu prof. Menno van Delfta. Brał udział w mistrzowskich kursach interpretacji prowadzonych przez: G. Boveta, K. Eichhorna, J. Gembalskiego, G. Gnanna, B. Haasa, L. Lohmanna, M. Sandera, J. Serafina, Z. Szathmary’ego, C. Tilney’a, D. Titteringtona, M. Toporowskiego, V. Warniera.
Jest laureatem Ogólnopolskich przesłuchań uczniów klas organów szkół muzycznych II st. w Częstochowie, XIV Międzynarodowego Konkursu Młodych Organistów w Opavie, III Europejskiego Konkursu Organowego w Castellana Grotte we Włoszech (I nagroda), IV Międzynarodowego Konkursu Organowego im. Mikaela Tariverdieva w Moskwie i Kaliningradzie (wyróżnienie i nagroda specjalna fundacji De Boni Arte „za najlepszą interpretację muzyki sakralnej”).
Za osiągnięcia artystyczne otrzymał kilka znaczących nagród i stypendiów, były to m.in.: stypendium Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego „Młoda Polska”, Nagroda Promocyjna Volksbank Paderborn-Höxter „Młodzi Twórcy w Europie 2006”.
Koncertował w kraju i za granicą (w Holandii, Japonii, Niemczech, Norwegii, Rosji, Szwajcarii, na Białorusi, Litwie, Ukrainie i we Włoszech). Pracuje na stanowisku adiunkta w Akademii Muzycznej w Krakowie.
W 2017 roku na swej macierzystej uczelni uzyskał stopień doktora sztuki. Działalność dydaktyczną prowadzi równolegle w Zespole Państwowych Szkół Muzycznych im. Artura Malawskiego w Przemyślu.
Jest pomysłodawcą, autorem koncepcji programowej i organizacyjnej oraz prezesem zarządu Salezjańskiej Szkoły Organistowskiej w Przemyślu, reaktywowanej w 2018 roku.