Jan Mroczek ukończył Akademię Muzyczną w Krakowie w klasie organów prof. Józefa Serafina. Podczas studiów odniósł pierwsze sukcesy, zdobywając nagrody na konkursach organowych: I nagrodę w Rumi (2003 r.) oraz II nagrodę w Castellana Grotte (2004 r.).
Kolejnym wirtuozem i pedagogiem, który wywarł ogromny wpływ na jego artystyczną drogę był prof. Daniel Roth – organista tytularny kościoła St. Sulpice w Paryżu, pod którego kierunkiem pracował najpierw jako stypendysta, a później jako student Hochschule für Musik und Darstellende Kunst we Frankfurcie nad Menem.
Prowadzi klasę organów w Zespole Szkół Muzycznych im. Marcina Józefa Żebrowskiego, jest wykładowcą Uniwersytetu Jana Długosza i organistą Kościoła Rektorackiego w Częstochowie. W 2012 roku otrzymał odznaczenie honorowe „Zasłużony dla kultury polskiej” przyznawane przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego.
W 2017 roku uzyskał tytuł doktora sztuki na Akademii Muzycznej w Krakowie. Występował jako solista w Polsce, Niemczech, Rosji, na Litwie i na Węgrzech.